Varios de los pueblos indígenas de Colombia aun conservan su propio idioma. Subsisten lenguas de las familias chibcha (Kogui, Wiwa, Arhuaco, Tule, Chimila y U'wa), caribe (Yukpa, Carijona), arawak (Wayuunaiki, Kurripako, Piapoco, Yukuna), barbacoa (Awá, Guambiano), chocó (Embera y Wounaan), guahibo (Sikuani, Cuiba, Hitnu, Iguanito, Guayabero), tucano (Desano, Piratapuyo, Cubeo, Tanimuca, Coreguaje, Siona), macú-puinave (Nukak, Jupda, Puinave), witoto-bora y sáliba. Otras lenguas son consideradas hasta ahora como independientes, como las de los Ticuna, Andoke y Umbrá. Se discute si el Nasa Yuwe es independiente o se relaciona con la familia barbacoa, la chibcha o las lenguas andinas.
Algunos pueblos indígenas, como los Pijao, Senú, Mocaná, Kankuamo y Pastos, ya no hablan su idioma original y solamente usan el castellano, que en el caso de los Betoye de Arauca, se trata de una lengua propia con base lexical castellana.